Wschodnie wybrzeże wyspy porastają gęste lasy o typowych cechach lasów tropikalnych. Madagaskarskie wilgotne lasy deszczowe należą do jednych z najbogatszych pod względem bioróżnorodności lasów na świecie. Lasy tropikalny odgrywa niezwykle ważną rolę w geoekosystemie, ponieważ stabilizują klimat, regulują stosunki wodne, a także stanowią siedlisko dla wielu gatunków flory i fauny. Podobnie jak w lasach strefy umiarkowanej wyróżnia się w nich piętra roślinne.
Najwyższe piętro składa się z pojedynczych drzew osiągających wysokość około 65 m, a nawet 80 m, np. puchowiec. Drzewa te posiadają rozłożyste korony, w których siedlisko znajduje wiele gatunków zwierząt, m. in. zielona i czarna papuga malgaska. Poniżej znajduje się warstwa koron drzew o wysokości 30-50 m, które tworzą zwarty baldachim, np. palmy, mahoniowce, bananowce. Drzewa posiadają duże, skórzaste liście pokryte kutykulą, która chroni je przed działaniem szkodliwych czynników i ułatwia spływanie wody. Drzewa oplątane są często lianami, z których najgroźniejszym dla drzew jest figowiec dusiciel. Charakterystyczne dla tego piętra są epifity, a wśród nich szczególnie róźnobarwne orchidee, które przyczepiają się do konarów drzew, m. in. gwiazda Madagaskaru czy Orchidea belemnopsis. Ciekawą rośliną jest dzbanecznik (Nephetes), który wabi swoje ofiary zapachem padliny, a potrzebne do życia składniki czerpie z rozkładania przez silne kwasy owadów, a także niewielkich jaszczurek. Piętro średnie lasu składa się głównie z lian, nagich konarów oraz epifitów i ananasowatych. Najniższe piętro ma najmniejszy dostęp do światła słonecznego (około 1-2%), co znacznie ogranicza rozwój roślin. Spotyka się tu niewielkie rośliny zielne lub tylko drobne glony, mchy, porosty, czasami skiofity. Drzewa i liany w pobliżu wód są siedliskiem życia malgaskiego pytona. Jednym z niewielu żyjących na wyspie drapieżników jest fusa-fusan, którego przysmakiem są duże owady, a także małe zwierzęta leśne (nawet lemury). Spośród ssaków lasy zasiedlają małpy człekokształtne-małpiatki.
W cieniu drzew znajdują schronienie pajęczaki, żuki, ćmy, natomiast w iejscach dobrze naświetlonych wygrzewają się jaszczurki i gekony. Fauna odznacza się niesamowitym przystosowaniem do życia w tego typu lesie, np. gekon wąskoogoniasty (Uroplatus fimbriatus) podobnie ja kameleon potrafi zmienić kolor, kończyny ma zakończone przyssawkami umożliwiającymi swobodne poruszanie się nawet po pionowych powierzchniach. Jednak najciekawszą cechą tego zwierzęcia jest oko złożone z czterech źrenic, co pozwala mu na znakomitą obserwację owadów podczas łowów.
Lasy wykorzystywane są także przez ludzi do pozyskiwania pożywienia. Wśród dziewiczego lau uprawia się pieprz czarny (Piper nigrum), którego uprawa nie niszczy struktury lasu. W cieniu wielkich drzew rośnie także sprowadzony z Jukatanu storczyk – wanilia płaskolistna, która jest ważną rośliną uprawną w agroleśnictwie.
Ciepłe i wilgotne obszary porośnięte są endemiczną palmą rafią (Raphia ruffia) oraz rawnalami (Raveala madagascariensis), która stała się godłem wyspy. Rawnalę zwie się drzewem podróżników, ponieważ w łodygach liścia gromadzi zdatną do picia wodę. Krajobraz wyspy uzupełniają dorastające do 40 m lasy bambusowe (Bambus arundinacea).
Zachodnie wybrzeże porastają lasy zrzucające liście oraz formacja namorzynowa (mangrowa). Namorzyny występują w postaci lasów lub zarośli i zajmują silnie wypłycone i zamulone brzegi wyspy. Do głównych składników tych zbiorowisk należą Sonneratia alba i Avicennia marina. W zbiorowiskach brak jest warstwy krzewów i runa. Nielicznie występują epifity. Są to głównie przedstawiciele ananasowatych i storczykowatych.
Południowa część wyspy silnie kontrastuje z obrazem jej naturalnej żyzności. Ten półpustynny region, osłonięty od niosących deszcze wiatrów przez góry i odcięty od rzek przez układ terenu, znany jest jako Kraj Pragnienia. Najbardziej charakterystyczną formacją roślinną dla tej jałowej krainy są kserofity, które posiadają grubą, gąbczastą skórę i mogą magazynować znaczne ilości wody, np. aloesy, wilczomlecze. Do roślin drzewiastych tego typu należy baobab (Andansonia digitala) oraz Pachypodium. Ponadto występują również lasy suchorośli z gatunki Didierea, które szczególnie upodobały sobie sifaki wygrzewające się w słońcu na wierzchołkach ciernistych pni.
Przyroda wyspy charakteryzuje się dużą różnorodnością i wysokim stopniem endemizmu. Oddalenie od zwartych obszarów kontynentalnych i innych wysp zmniejsza prawdopodobieństwo pojawienia się nowych gatunków, zwiększa zaś wyniszczenia, dlatego też Madagaskar zwany jest „żyjącym muzeum osobliwości”. Gdyby nie sprowadzone przez człowieka drapieżniki: kajmany, skorpiony, sokoły, szczury i inne, wyspa byłaby oazą szczęścia i spokoju. Z braku wrogów stracił tu bowiem częściowo na znaczeniu tak ważny dla przetrwania gatunku instynkt ucieczki i obrony przed napastnikiem.Taki los spotkał m. in. największego spośród znanych na Ziemi ptaków – strusia madagaskarskiego (Aepyornis maximus), karłowatego hipopotama oraz kilka gatunków lemurów.
Gatunki endemiczne osiągają niewielkie rozmiary. Wśród nich najbardziej znane są lemury, które stanowią około 40% populacji zwierząt na Madagaskarze i stały się symbolem wyspy, którą malgasze nazywają Nosy Komba (Wyspa Małp). Dotychczas rozpoznano 60 gatunków lemurów. Małe gatunki lemurów prowadzą nocny tryb życia, a większe są aktywne podczas dnia. Lemury żywią się głównie roślinami i owocami, jednak odżywiają się również owadami i małymi kręgowcami. Najmniejszy lemur żyjący na wyspie waży zaledwie 30 g. Największy madagaskarski lemur osiągający wagę około 240 kg wyginął na skutek narastającej w czasie i przestrzeni antropopresji. Stada lemurów mają charakter matriarchialny (dominacja samic). Większość lemurów zasiedla korony drzew, ale wyjątek stanowi lemur katta, który prowadzi również naziemny tryb życia.
Na Madagaskarze przetrwała również wielka ryjówka – tenrek pręgowany (Hemicentetes semispinosus). Jest to owadożerny ssak przetrwały z czasów mezozoiku. W wodach przybrzeżnych stwierdzono występowanie latimerii – ryb trzonopłetwych, które jak sądzono, wyginęły 70 mln lat temu, stąd też nazywano je „żywymi skamieniałościami”.
Nie ulega wątpliwości, że ochrona przyrody Madagaskaru musi zostać połączona z ochroną ekonomicznych interesów miejscowej ludności. Jeśli się to nie uda, wówczas utracimy wyjątkowe dziedzictwo biologiczne i krainę z mozaiką kultur afrykańskich i azjatyckich, która jest nie mniej zagrożona niż zamieszkujące ją rzadkie rośliny i zwierzęta. Dotychczas w celu ochrony bio- i georóżnorodności utworzonych zostało 20 parków nardowych i 23 rezerwaty przyrody.