Uniwersytet w Krakowie powstał staraniem króla Kazimierza III Wielkiego 12 maja 1364 roku. Wzorowany był na Uniwersytecie Bolońskim. Faktycznie swoją działalność rozpoczął dopiero w 1367 roku, prowadząc wykłady na trzech wydziałach: nauk wyzwolonych, medycyny i prawa. Król pragnął założyć cztery wydziały, ale wskutek sprzeciwu papieża ograniczył się do trzech. Ustrój wewnętrzny oparty był na samorządzie studentów i obdarzył go wszystkimi typowymi przywilejami. Po raz pierwszy w historii studenci prawa, po wykładach mieli odbywać praktyki w sądach. Krakowskie studium generalnie ukończyło sześć osób na wydziale atrium. Celem tego uniwersytetu była przede wszystkim służba państwu, zwłaszcza w dziedzinie prawa i dyplomacji. Założenie uniwersytetu w wiekach średnich było nie łatwą sprawą. Aby móc to uczynić potrzebne było pozwolenie najwyższych czynników kościelnych. Toteż, Kazimierz Wielki wysłał posłów do siedziby papieża do Awinionu i uzyskał od papieża Urbana V potwierdzenie dla swych postanowień. Był to drugi po Pradze uniwersytet w Europie Środkowej.
Ze śmiercią króla w 1386 roku, i wzrostem nieładu wewnętrznego uniwersytet zmarł. Korzystając z tego Krzyżacy, uzyskali w 1386 roku, od papieża przywilej na otwarcie uniwersytetu w Chełmnie, ale wypadki polityczne nie pozwoliły im otworzyć tej konkurencyjnej szkoły. Z dorobku naukowego zachowały się kodeksy z 1367 – IN CASTRO CRACOVIENSI SEU IN UNIVERSITATE STUDII oraz z 1369 – PER MANUS CUISDAM STUDENTIS.
Zaprowadzenie chrześcijaństwa na Litwie na nowo wzbudziło potrzebę uniwersytetu polskiego, w tym celu dostarczenia wykształconego kleru dla umocnienia wiary na rozległych obszarach zjednoczonych z Polską. Inspiratorami tej myśli byli czescy teologowie Jadwiga i Jagiełło. Jadwiga, przywiązana do swej misji apostolskiej, ufundowała w Pradze kolegium teologiczne dla Litwinów. W 1397 uzyskała od papieża zgodę na założenie wydziału teologicznego w Krakowie. Umierając, zobowiązała wykonawców testamentu do wykonania jej planów. Dnia 26 lipca 1400roku Jagiełło wydał akt fundacyjny i tego dnia otwarto uniwersytet w pełnym już składzie. Pierwszym rektorem był wychowanek Jadwigi Stanisław ze Skalmierza. W pierwszym roku w metrykę uniwersytetu wpisało się 205 studentów.
Zgodnie z nowymi zasadami uniwersytet odnowiony różnił się w swej organizacji od Kaźmierzowskiego. Na czele wydziałów stanęła teologia, niezbędny dla niej wydział artystyczny bogato wyposażony został w katedry, a za wzór urządzenia wewnętrznego posłużyła paryska Sorbona. Z zapisu Jadwigi zakupiono wielki dom w dzielnicy żydowskiej Krakowa, w którym umieszczono kolegium królewskie, a drugi na kolegium jurydyczne. Pierwsze grono profesorskie wzięto z pośród magistrów uniwersytetu praskiego. Na 128 profesorów wykładających , 89 było pochodzenia polskiego, 19 niemieckiego, 9 czeskiego. Pierwszy ten uniwersytet na wschodzie Europy otworzył swoje gościnne podwoje dla wszystkich narodów, spełniając dzięki temu ogromną rolę cywilizacyjną.
Życie naukowe rozkwitło w Krakowie tak bujnie, że w ciągu XV wieku uniwersytet zasłynął pośród pierwszych w Europie. Szczególnie zakwitły w uniwersytecie krakowskim nauki matematyczne i astronomia.
W okresie swojego wspaniałego rozwoju, w wieku XV zaspokajał uniwersytet główne potrzeby kraju. Dostarczał mu wykształconego kleru i nauczycieli, synom mieszczańskim dawał tyle nauki, ile jej dla potrzeb swojego stanu pragnęli, a szlacheckim tyle, ile jej zechcieli szukać. W miarę rozgłosu uniwersytetu, a postępującej równocześnie zamożności szlachty, posyłała ona coraz częściej synów na studia do Krakowa, tak, że uniwersytet był przepełniony wszystkimi stanami. Dzięki akademii podniosła się ogólna oświata w kraju, wewnętrzne życie rozwijało się bujnie dzięki zapewnionej mu autonomii. Naczelną władzę w uniwersytecie sprawował rektor, wybrany z pośród czynnych profesorów do niego należała administracja i sądownictwo. Życie naukowe uniwersytetu skupiało się w fakultetach, na których czele stali dziekani, wybierani co rok lub pół roku przez ogół magistrów. Studenci mieszkali w bursach pod nadzorem seniorów. Bogatsi płacili za utrzymanie w bursach dla zamożnych, dla uboższych hojni dobroczyńcy, przeważnie z grona profesorskiego, zakładali bursy, zapewniające bezpłatne utrzymanie. Największa z nich była bursa Jerozolimska. Student po złożeniu przysięgi, wpisywał się w album uniwersytecki i oddawał się pod bezpośrednią opiekę jednemu z magistrów fakultetu artystycznego, który miał czuwać nad jego studiami. Uczęszczając regularnie przez dwa lata na wykłady, student mógł przystąpić do pierwszego egzaminu, później znów po dwuletnich studiach poddawał się egzaminowi na stopień magistra i mógł się wpisać na wyższe fakultety. Ponieważ te egzaminy były potrzebne tylko dla chcących zmierzać do kariery kościelnej, natomiast Ci którzy się nie poświęcili, przeważnie do nich nie zasiadali. Ścisły nadzór zmuszał młodzież do zajmowania się nauką, jednakże przy taj wielkiej liczbie studentów większość przepisów zostawała martwą literą. Wielu z młodzieży zamiast uczęszczać na wykłady lub na nie lubiane dysputację, oddawało się zabawom i awanturą, ku którym ich popychał bujny temperament. Praktykowano też otrzęsiny, zakazane dopiero w 1511 roku. Młodzież objawiała równocześnie przywiązanie do uniwersytetu i szacunek dla profesorów. Zasługiwali oni w całej pełni na to za swoją uczciwość, pracowitość, pobożność i miłość dla młodzieży.
Działalność Akademii Krakowskiej wniosła duży wkład w rozwój polskiego renesansu. Już w XV wieku kręgi akademickie żywo interesowały się humanizmem włoskim oraz kulturą starożytną. Stopniowo do programu nauczania wprowadzano dzieła antycznych autorów: Wergiliusza, Horacego, Owidiusza i Terencjusza. Znana była krakowska szkoła matematyczna i astrologiczna. Kraków był też ważnym ośrodkiem naukowym nauk alchemicznych, której uczyli profesorowie medycyny.
Nurty reformacji zostały odrzucone przez władze Akademii Krakowskiej. Druki innowiercze podlegały cenzurze, a profesorowie – zwolennicy reformacji opuścili miasto. Akademia straciła studentów zagranicznych, a liczba studentów polskich i litewskich zmalała. Ci zresztą coraz częściej wybierali studia za granicą, w Bolonii czy Padwie. Wprawdzie pod koniec XVI wieku studiowały tu jeszcze takie znakomitości jak Jan Kochanowski, Andrzej Frycz Modrzewski, Marcin Kromer czy Mikołaj Rej, ale upadek uniwersytetu się pogłębiał. Wieki XVII i XVIII pogłębiały tylko kryzys uczelni. Akademia uwikłała się w konflikt z jezuitami, popieranymi przez króla, którzy opierali się nowoczesnymi prądami naukowymi. Pozytywnym elementem było utworzenie sieci szkół związanych z uczelnią tzw. kolonii akademickich, z których pierwsze było Kolegium Nowodworskiego. W tym trudnym okresie działali dwaj znani uczeni Jan Brożek i Stanisław Pudłowski. W połowie XVIII wieku pojawiają się pierwsze reformy. Wprowadzone m.in. systematyczne nauczanie języków niemieckiego i francuskiego, wykłady na temat prawa polskiego, geografii i inżynierii wojskowej. W roku 1748 powstała katedra prawa natury. Niepowodzeniem kończą się za to starania o sprowadzenie do Krakowa wykładowców z zagranicy. Gruntowną reformę przeprowadził działający z ramienia Komisji Edukacji Narodowej Hugo Kołłątaj. Stworzył on wówczas nową strukturę organizacyjną uniwersytetu, który nosił wówczas nazwę Szkoły Głównej Koronnej. Otwarto wówczas obserwatorium astronomiczne, kliniki, pierwsze laboratoria, powstał ogród botaniczny. Językiem wykładowym został ostatecznie język polski, a wykłady prowadzone były w duchu filozofii Oświecenia.
Rozbiory Polski postawiły pod znakiem zapytania dalsze funkcjonowanie uniwersytetu. Po wkroczeniu wojsk austriackich podjęto decyzję o jego zamknięciu i dopiero interwencja w Wiedniu uchroniła go od takiego losu. Jednak jego rola została znacznie umniejszona. Również wcielenie Krakowa do Księstwa Warszawskiego nie zmieniło tej sytuacji. W Rzeczypospolitej Krakowskiej Akademia odgrywała istotną rolę polityczną. Posiadała szeroką autonomię wewnętrzną i znaczący wpływ na politykę państwa (władza rektora była w bardzo niewielkim stopniu ograniczona przez Senat Wolnego Miasta. Poza tym uczelnia mianowała trzech swych reprezentantów do 41 – osobowego Zgromadzenia Ogólnego i dwóch do Senatu). Jednak ani jej poziom, ani liczba studentów nie podwyższyły się znacząco a pod względem prestiżu naukowego dała się wyprzedzić Warszawie i Wilnu. Od 1846, gdy Kraków ponownie włączono do Austrii, rząd w Wiedniu nie zmienił swojej wrogiej polityki. Dopiero przyznanie autonomii Galicji w ramach monarchii austrowęgierskiej przyniosło także poprawę sytuacji uniwersytetu. W międzyczasie zmieniono nazwę na Uniwersytet Jagielloński – by podkreślić jego związki z dynastią funkcjonujący do dziś. W tym drugim okresie świetności uniwersytetu swoje badania prowadzili, m.in.: Karol Olszewski, Zygmunt Wróblewski, Napoleon Cybulski, Tadeusz Borowicz, Marian Smoluchowski, Leon Marchlewski, Władysław Natanson, Kazimierz Żurawski oraz Stanisław Zaremba. Wśród nauk humanistycznych czołowymi przedstawicielami byli Michał Bobrzyński, Józef Szujski, Stanisław Smolka, Kazimierz Morawski, Franciszek Piekosiński, Edmund Krzymuski, Jan Baudouin de Courtenay, Fryderyk Zoll, Stanisław Wróblewski czy Stanisław Estreicher. Na początku XX wieku studiowało na Uniwersytecie Jagiellońskim około 3 tysięcy studentów, w tym także pierwsze kobiety, które mogły podjąć studia dopiero w 1894, najpierw na wydziale farmacji, a później i innych. Legendarną pierwszą studentką pozostaje jednak Nawojka, która podobno używała męskiego przebrania. O politycznym życiu UJ aż do początków XX wieku decydowali konserwatyści. Na przełomie wieków wpływy zdobyli także nacjonaliści, socjaliści, ludowcy i w mniejszym stopniu chadecy. Po odzyskaniu niepodległości Uniwersytet Jagielloński był najważniejszym spośród istniejących wówczas pięciu polskich uniwersytetów (oprócz UJ drugim znanym ze światowego poziomu nauki polskim uniwersytetem był Uniwersytet Jana Kazimierza). Gdy po odzyskaniu niepodległości reaktywowano Uniwersytet Stefana Batorego, Uniwersytet Warszawski oraz utworzono Uniwersytet Poznański i Katolicki Uniwersytet Lubelski, kadra profesorska tych uczelni była zasilana w dużej mierze z uczelni krakowskiej i lwowskiej. W okresie międzywojennym rozbudowano uniwersytet, powstał m.in. nowy gmach Biblioteki Jagiellońskiej. Jednak spory polityczne i kryzys ekonomiczny nie ominęły także uniwersytetu. Dochodziło m.in. do starć przedstawicieli różnych ugrupowań studenckich. Senat uczelni protestował przeciwko niektórym działaniom rządu, m.in. ograniczeniu autonomii szkół wyższych. Kryzys finansów państwowych w latach 30 doprowadził do likwidacji kilku katedr. W roku akademickim 1937/38 na wszystkich wydziałach uniwersytetu wprowadzono zasadę numerus clausus studentów pochodzenia żydowskiego, ograniczając ich liczbę do około 10% ogólnej liczby studiujących. Z tego okresu pochodzą tacy słynni uczeni jak: matematycy Tadeusz Banachiewicz, Tadeusz Ważewski i Franciszek Leja, językoznawcy Jan Michał Rozwadowski, Jan Łoś, Kazimierz Nitsch i Tadeusz Lehr-Spławiński oraz przedstawiciele innych nauk Konstanty Michalski, Rafał Taubenschlag, Adam Krzyżanowski, Tadeusz Sinko, Roman Dyboski oraz Władysław Konopczyński. Wybuch wojny był najtrudniejszym momentem historii uniwersytetu. 6 listopada 1939, pod pretekstem wykładu, okupanci zaprosili profesorów i asystentów uniwersytetu, których aresztowano w liczbie 144 i zesłano do obozu koncentracyjnego. Łącznie aresztowano w ramach Sonderaktion Krakau 183 osoby, w tym także profesorów i pracowników AGH. Wielu z nich udało się przeżyć, łącznie jednak w latach 1939-1945 zginęło 34 profesorów uniwersytetu, w tym także zamordowanych w Katyniu przez Rosjan. W czasie trwania wojny uniwersytet był zamknięty, a jego wyposażenie niszczone. Mimo to zorganizowano nauczanie na Tajnym Uniwersytecie Jagiellońskim, w którym udział brało około 900 studentów. Rektorem tajnego uniwersytetu został profesor Władysław Szafer. Zajęcia prowadziło 140 naukowców.
Po przemianach ustrojowych uniwersytet może działać w nowych warunkach, w których przywrócono mu należną uczelniom wyższym autonomię. W 1993 włączono na powrót Collegium Medicum, do 2004 UJ był jedynym uniwersytetem w Polsce posiadającym wydziały medyczne. Uniwersytet rozwija jeszcze bardziej współpracę międzynarodową – jest m.in. członkiem Grupy Coimbra zrzeszającej najstarsze uniwersytety kontynentu europejskiego. Wysoka jakość nauczania i prowadzonych badań potwierdzana jest przez niezależne rankingi uczelni wyższych.
Obecnie w skład UJ wchodzi 12 wydziałów, 46 kierunków oraz 127 specjalności. Ogólna liczba studentów wynosi 44 214. Uniwersytet Jagielloński użytkuje ponad 100 budynków na terenie całego miasta. Prowadzi także 7 muzeów, które prezentują zbiory dotyczące historii uniwersytetu. Należy do największych, najbardziej znanych i cenionych uczelni wyższych w Polsce i Europie. Najlepszy uniwersytet w Polsce według ogólnoświatowego rankingu publikowanego przez Times Higher Education Supplement. Jako jedyna uczelnia w kraju, Uniwersytet Jagielloński jest członkiem wielu stowarzyszeń zrzeszających najbardziej prestiżowe uniwersytety świata, m.in. Grupy Coimbra czy Europaeum.